Di tengah-tengah Perang Cawan Suci Kelima, Caster mengatur rencananya menjadi gerakan, dimulai dengan penangkapan Shirou’sec Servant Saber. Dengan semakin kuatnya penyihir, Rin dan Archer menentukan dia adalah ancaman yang harus ditangani sekaligus. Tetapi karena keseimbangan kekuasaan dalam perang mulai bergeser, Sang Guru dan Pelayan mendapati diri mereka berjalan dengan cara terpisah.
Sementara itu, meskipun kehilangan Pelayannya dan tersandung dari cedera, Shirou mengabaikan peringatan Rin untuk meninggalkan pertempuran royale, memaksa perjalanannya ke dalam perang melawan Caster. Bertekad untuk menunjukkan tekadnya dalam keinginannya untuk bertarung, potensi Shirou untuk menjadi pelindung rakyat diuji.
Di tengah pertumpahan darah dan kekacauan, motivasi setiap Guru dan Hamba perlahan-lahan terungkap saat mereka mengorbankan segalanya untuk bangkit sebagai pemenang dan mengklaim Cawan Suci.